Лаборатория биофизического моделирования лекарств и таргетных белков

Исследовательские направления и задачи:

  • Биофизический анализ белковых структур
  • Молекулярно-динамический анализ комплексов лиганд-таргетный белок
  • Прогнозирование структур белок-лигандных комплексов (докинг)
  • Расчёт энергий связывания лигандов с таргетными белками
  • Разработка методов валидации результатов молекулярной динамики
  • Разработка методов расчёта и анализа молекулярных энергетических профилей белков
  • Разработка методов анализа данных фармакокинетики и фармакодинамики
  • Разработка методов исследования и дизайна термостабильности белков

Публикации:

И.Ю. Тоpшин, А.В. Батяновcкий, Л.А. Уpошлев, Н.Г. Еcипова, В.Г. Туманян. Неканоничеcкие и cтpого запpещенные конфоpмации оcтова полипептидныx цепей глобуляpныx белков. Биофизика, 2018, том 63, вып. 2, c. 225–231

Torshin I.Y., Uroshlev L.A., Esipova N.G., Tumanyan V.G. Descriptive statistics of disallowed regions and various protein secondary structures in the context of studying twisted β-hairpins. Biophysics. 2016. Т. 61. № 1. С. 6-12.

Larissa A. Maiorova, Thao T. Vu, Olga A. Gromova, Konstantin S. Nikitin, Oskar I. Koifman Nanostructured Stable Floating М-Mono- and Bilayers and Langmuir-Schaefer Films of 5,10,15-Triphenylcorrole. BioNanoSci. DOI 10.1007/s12668-017-0424-0

Patrusheva I., Perelygina L., Torshin I., LeCher J., Hilliard J. B virus (macacine herpesvirus 1) divergence: variations in glycoprotein d from clinical and laboratory isolates diversify virus entry strategies. Journal of Virology. 2016. Т. 90. № 20. С. 9420-9432.

Uroshlev L.A., Torshin I.Y., Esipova N.G., Tumanyan V.G., Batyanovskii A.V. Disallowed conformations of a polypeptide chain as exemplified by the β-turn of the β-hairpin in the α-spectrin sh3 domain. Biophysics. 2015. Т. 60. № 1.

Громова О.А., И.Ю. Торшин, А.Г. Калачева, Т.Р. Гришина.О синергизме калия и магния в поддержании функции миокарда.Кардиология, 2016;56:3. С.72-79

Пронин А.В., Громова О.А., Торшин И.Ю., Гоголева И. В., Жидоморов Н.Ю., Волков А.Ю.Доклиническое изучение      фармакокинетики аскорбата лития. Фармакокинетика и фармакодинамика. 2016; 2: 46-53.

Урошлев Л.А., Торшин И.Ю., Батяновский А.В., Есипова Н.Г., Туманян В.Г. Запрещенные конформации полипептидной цепи на примере β-изгиба β-шпильки в sh3-домене а-спектрина. Биофизика. 2015. Т. 60. № 1. С. 5-14.

И.Ю. Торшин, О.А. Громова, И.В. Гоголева, О.А. Лиманова, Е.Ю. Егорова, Н.В. Юдина, Т.Р. Гришина, Л.Э. Федотова, А.Н. Галустян, С.И. Малявская, А.Ю. Волков, А.Г. Калачева, К.В. Рудаков, И.М. Косенко, В.А. Семенов.    Роль обеспеченности микронутриентами в поддержании здоровья детей и подростков: анализ крупномасштабной выборки пациентов посредством интеллектуального анализа данных. Педиатрия Том 94, №6, 2015. С.68-78.

Torshin IY, Esipova NG, Tumanyan VG. Alternatingly twisted β-hairpins and nonglycine residues in the disallowed II’ region of the Ramachandran plot. J Biomol Struct Dyn. 2014 Feb;32(2):198-208.

Razin, N., Sungurov, D., Mottl, V., Torshin, I., Sulimova, V., Seredin, O., Windridge, D. Application of the multi-modal relevance vector machine to the problem of protein secondary structure prediction. Lecture Notes in Computer Science, 2012, LNBI  7632, pp. 153-156.

И.С. Юргель,О.А. Лиманова,  О.А. Громова, И.Ю. Торшин,А.Н. Громов,  Е.Ю. Егорова. Сравнительное перекрестное фармакокинетическое исследование препарата Клималанин. Гинекология. – 2013.- Том 15- №2. – С.108-112.

Торшин И.Ю., Волков А.Ю., Громов А.Н., Носиков В., Гоголева И.В., Громова О.А. Сравнительный анализ растворимости различных препаратов кальция в зависимости от кислотности среды. Врач.- 2013. — №7.- С.18-24.

 Torshin IY, Gromova OA, Sardaryan IS, Fedotova LE. [A comparative chemoreactome analysis of mexidol]. Zh Nevrol Psikhiatr Im S S Korsakova. 2017;117(1. Vyp. 2):75-83. doi: 10.17116/jnevro20171171275-84. Russian. PubMed PMID: 28514338.

Gromova OA, Torshin IY, Kalacheva AG, Grishina TR. [On Synergism of Potassium and Magnesium in Maintenance of Myocardial Function]. Kardiologiia. 2016 Mar;56(3):73-80. Russian. PubMed PMID: 28294893.

Torshin IIu, Gromova OA, Nikonov AA. [Genes and cerebrovascular pathology (genes and nucleotide polymorphisms in some types of physiological shifts and pathological processes)]. Zh Nevrol Psikhiatr Im S S Korsakova. 2009;109(5):77-85. Review. Russian. PubMed PMID: 19938280.

Torshin IY. Three-dimensional models of human 2′-5′ oligoadenylate synthetases: a new computational method for reconstructing an enzyme assembly. Med Sci Monit. 2005 Jul;11(7):BR235-47. Epub 2005 Jun 29. PubMed PMID: 15990685.

Torshin IY. Computed energetics of nucleotides in spatial ribozyme structures: an accurate identification of functional regions from structure. ScientificWorldJournal. 2004 Mar 26;4:228-47. PubMed PMID: 15105962.

Petock JM, Torshin IY, Weber IT, Harrison RW. Analysis of protein structures reveals regions of rare backbone conformation at functional sites. Proteins. 2003 Dec 1;53(4):872-9. PubMed PMID: 14635129.

Torshin I, Weber IT, Harrison RW. Net charge center as the simplest model of a protein identifies up to 100% of active/binding site residues. Med Sci Monit. 2003 Aug;9(8):BR289-301. PubMed PMID: 12942025.

Petock JM, Torshin IY, Wang YF, Du Bois GC, Croce CM, Harrison RW, Weber IT. Crystal structures of Tcl1 family oncoproteins and their conserved surface features. ScientificWorldJournal. 2002 Jul 4;2:1876-84. Review. PubMed PMID: 12920316.

Torshin IY, Harrison RW. Protein folding: search for basic physical models. ScientificWorldJournal. 2003 Jul 30;3:623-35. Review. PubMed PMID: 12920312.

Ye Y, Shealy S, Lee HW, Torshin I, Harrison R, Yang JJ. A grafting approach to obtain site-specific metal-binding properties of EF-hand proteins. Protein Eng. 2003 Jun;16(6):429-34. PubMed PMID: 12874376.

Torshin IY, Harrison RW, Weber IT. Close pairs of carboxylates: a possibility of multicenter hydrogen bonds in proteins. Protein Eng. 2003 Mar;16(3):201-7. PubMed PMID: 12702800.

Torshin IY. Structural criteria of biologically active RGD-sites for analysis of protein cellular function — a bioinformatics study. Med Sci Monit. 2002 Aug;8(8):BR301-12. PubMed PMID: 12165734.

Torshin IY, Weber IT, Harrison RW. Geometric criteria of hydrogen bonds in proteins and identification of «bifurcated» hydrogen bonds. Protein Eng. 2002 May;15(5):359-63. PubMed PMID: 12034855.

Torshin IY. Functional maps of the junctions between interglobular contacts and active sites in glycolytic enzymes — a comparative analysis of the biochemical and structural data. Med Sci Monit. 2002 Apr;8(4):BR123-35. PubMed PMID: 11951058.

Ye Y, Lee HW, Yang W, Shealy SJ, Wilkins AL, Liu ZR, Torshin I, Harrison R, Wohlhueter R, Yang JJ. Metal binding affinity and structural properties of an isolated EF-loop in a scaffold protein. Protein Eng. 2001 Dec;14(12):1001-13. PubMed PMID: 11809931.

Petock JM, Torshin IY, Wang YF, Du Bois GC, Croce CM, Harrison RW, Weber IT. Structure of murine Tcl1 at 2.5 A resolution and implications for the TCL oncogene family. Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 2001 Nov;57(Pt 11):1545-51. Epub 2001 Oct 25. PubMed PMID: 11679718.

Torshin IY, Harrison RW. Charge centers and formation of the protein folding core. Proteins. 2001 Jun 1;43(4):353-64. PubMed PMID: 11340652.

Torshin IY. Clustering amino acid contents of protein domains: biochemical functions of proteins and implications for origin of biological macromolecules. Front Biosci. 2001 Apr 1;6:A1-A12. PubMed PMID: 11282572.

Torshin I. Direct and reversed amino acid sequence pattern analysis: structural reasons for activity of reversed sequence sites and results of kinase site mutagenesis. Biochem J. 2000 Feb 1;345 Pt 3:733-40. PubMed PMID: 10642535; PubMed Central PMCID: PMC1220811.

Torshin I. Activating oligomerization as intermediate level of signal transduction: analysis of protein-protein contacts and active sites in several glycolytic enzymes. Front Biosci. 1999 Jul 1;4:D557-70. PubMed PMID: 10393128.

Torshin I. Molecular surface sequence analysis of several E. coli enzymes and implications for existence of casein kinase-2 bacterial predecessor. Front Biosci. 1999 Apr 1;4:D394-407. Review. PubMed PMID: 10099138.

Poltorak OM, Chukhray ES, Torshin IY. Dissociative thermal inactivation, stability, and activity of oligomeric enzymes. Biochemistry (Mosc). 1998 Mar;63(3):303-11. Review. PubMed PMID: 9526127.

Конференции:

И.В.Гоголева, Громова О.А., Зангиева З.К., Волков А.Ю., Торшин И.Ю. Влияние ишемии на элементный гомеостаз головного мозга. Роль глюконата лития. Всероссийская конференция с международным участие «Инновации в фармакологии: от теории к практике», Санкт-Петербург 27-28 октября 2014г.

Гоголева И.В., Громова О.А., Зангиева З.К., Волков А.Ю., Торшин И.Ю. Влияние ишемии на элементный гомеостаз головного мозга. Роль глюконата лития. Тезисы Всероссийской конференции с международным участие «Инновации в фармакологии: от теории к практике», Санкт-Петербург, 2014. С. 57-58

Пронин А.В., Волков А.Ю., Торшин И.Ю., Жидоморов Н.Ю.Доклиническое изучение фармакокинетики аскорбата лития.XI международный научный конгресс «Рациональная фармакотерапия», Санкт-Петербург, 2016.   С. 122-124.