Лаборатория биофизического моделирования лекарств и таргетных белков

Исследовательские направления и задачи:

  • Биофизический анализ белковых структур
  • Молекулярно-динамический анализ комплексов лиганд-таргетный белок
  • Прогнозирование структур белок-лигандных комплексов (докинг)
  • Расчёт энергий связывания лигандов с таргетными белками
  • Разработка методов валидации результатов молекулярной динамики
  • Разработка методов расчёта и анализа молекулярных энергетических профилей белков
  • Разработка методов анализа данных фармакокинетики и фармакодинамики
  • Разработка методов исследования и дизайна термостабильности белков

Публикации:

И.Ю. Тоpшин, А.В. Батяновcкий, Л.А. Уpошлев, Н.Г. Еcипова, В.Г. Туманян. Неканоничеcкие и cтpого запpещенные конфоpмации оcтова полипептидныx цепей глобуляpныx белков. Биофизика, 2018, том 63, вып. 2, c. 225–231 (I.Yu. Torshin, A.V. Batyanovskii, L.A. Uroshlev, N.G. Esipova, and V.G. Tumanyan. Non-canonical and Strongly Disallowed Conformations of the Backbone of Globular Proteins Polypeptide Chain. Biophysics, 2018, 63(2):225–231.)

Громова О.А., Торшин И.Ю., Згода В.Г., Диброва Е.А. Регуляторное действие пептидов Лаеннека на митохондриальные процессы Терапия. 2017;7(17): 71-84.

Богачёва Т.Е., Калачёва А.Г., Гришина Т.Р., Громова О.А., Суракова Т.В. Нейропротекторное и противосудорожное действие Церебролизина в эксперименте. Фармакокинетика и фармакодинамика № 4. 2017 C. 3-6

Пронин А.В., Громова О.А., Торшин И.Ю., Гришина Т.Р. Динамика распределения лития в различных тканях после перорального приёма цитрата лития у крыс. Фармакокинетика и фармакодинамика № 4. 2017 C. 16-23

Громова О.А., Торшин И.Ю., Кобалава Ж.Д., Сорокина М.А. О фундаментальных и клинических аспектах синергидного действия магния и рибофлавина в терапевтической практике. Терапия. 2018;1(19):119–131.

Калачёва А.Г., Богачёва Т.Е., Громова О.А., Гришина Т.Р., Демидов В.И. Изучение эффектов магния оротата на модели первично-генерализованных судорог у крыс. Фармакокинетика и фармакодинамика № 4. 2017 C. 7-11

Torshin I.Y., Uroshlev L.A., Esipova N.G., Tumanyan V.G. Descriptive statistics of disallowed regions and various protein secondary structures in the context of studying twisted β-hairpins. Biophysics. 2016. Т. 61. № 1. С. 6-12.

Larissa A. Maiorova, Thao T. Vu, Olga A. Gromova, Konstantin S. Nikitin, Oskar I. Koifman Nanostructured Stable Floating М-Mono- and Bilayers and Langmuir-Schaefer Films of 5,10,15-Triphenylcorrole. BioNanoSci. DOI 10.1007/s12668-017-0424-0

Patrusheva I., Perelygina L., Torshin I., LeCher J., Hilliard J. B virus (macacine herpesvirus 1) divergence: variations in glycoprotein d from clinical and laboratory isolates diversify virus entry strategies. Journal of Virology. 2016. Т. 90. № 20. С. 9420-9432.

Uroshlev L.A., Torshin I.Y., Esipova N.G., Tumanyan V.G., Batyanovskii A.V. Disallowed conformations of a polypeptide chain as exemplified by the β-turn of the β-hairpin in the α-spectrin sh3 domain. Biophysics. 2015. Т. 60. № 1.

Громова О.А., И.Ю. Торшин, А.Г. Калачева, Т.Р. Гришина.О синергизме калия и магния в поддержании функции миокарда.Кардиология, 2016;56:3. С.72-79

Пронин А.В., Громова О.А., Торшин И.Ю., Гоголева И. В., Жидоморов Н.Ю., Волков А.Ю.Доклиническое изучение      фармакокинетики аскорбата лития. Фармакокинетика и фармакодинамика. 2016; 2: 46-53.

Урошлев Л.А., Торшин И.Ю., Батяновский А.В., Есипова Н.Г., Туманян В.Г. Запрещенные конформации полипептидной цепи на примере β-изгиба β-шпильки в sh3-домене а-спектрина. Биофизика. 2015. Т. 60. № 1. С. 5-14.

И.Ю. Торшин, О.А. Громова, И.В. Гоголева, О.А. Лиманова, Е.Ю. Егорова, Н.В. Юдина, Т.Р. Гришина, Л.Э. Федотова, А.Н. Галустян, С.И. Малявская, А.Ю. Волков, А.Г. Калачева, К.В. Рудаков, И.М. Косенко, В.А. Семенов.    Роль обеспеченности микронутриентами в поддержании здоровья детей и подростков: анализ крупномасштабной выборки пациентов посредством интеллектуального анализа данных. Педиатрия Том 94, №6, 2015. С.68-78.

Torshin IY, Esipova NG, Tumanyan VG. Alternatingly twisted β-hairpins and nonglycine residues in the disallowed II’ region of the Ramachandran plot. J Biomol Struct Dyn. 2014 Feb;32(2):198-208.

Razin, N., Sungurov, D., Mottl, V., Torshin, I., Sulimova, V., Seredin, O., Windridge, D. Application of the multi-modal relevance vector machine to the problem of protein secondary structure prediction. Lecture Notes in Computer Science, 2012, LNBI  7632, pp. 153-156.

И.С. Юргель,О.А. Лиманова,  О.А. Громова, И.Ю. Торшин,А.Н. Громов,  Е.Ю. Егорова. Сравнительное перекрестное фармакокинетическое исследование препарата Клималанин. Гинекология. – 2013.- Том 15- №2. – С.108-112.

Торшин И.Ю., Волков А.Ю., Громов А.Н., Носиков В., Гоголева И.В., Громова О.А. Сравнительный анализ растворимости различных препаратов кальция в зависимости от кислотности среды. Врач.- 2013. — №7.- С.18-24.

 Torshin IY, Gromova OA, Sardaryan IS, Fedotova LE. [A comparative chemoreactome analysis of mexidol]. Zh Nevrol Psikhiatr Im S S Korsakova. 2017;117(1. Vyp. 2):75-83. doi: 10.17116/jnevro20171171275-84. Russian. PubMed PMID: 28514338.

Gromova OA, Torshin IY, Kalacheva AG, Grishina TR. [On Synergism of Potassium and Magnesium in Maintenance of Myocardial Function]. Kardiologiia. 2016 Mar;56(3):73-80. Russian. PubMed PMID: 28294893.

Torshin IIu, Gromova OA, Nikonov AA. [Genes and cerebrovascular pathology (genes and nucleotide polymorphisms in some types of physiological shifts and pathological processes)]. Zh Nevrol Psikhiatr Im S S Korsakova. 2009;109(5):77-85. Review. Russian. PubMed PMID: 19938280.

Torshin IY. Three-dimensional models of human 2′-5′ oligoadenylate synthetases: a new computational method for reconstructing an enzyme assembly. Med Sci Monit. 2005 Jul;11(7):BR235-47. Epub 2005 Jun 29. PubMed PMID: 15990685.

Torshin IY. Computed energetics of nucleotides in spatial ribozyme structures: an accurate identification of functional regions from structure. ScientificWorldJournal. 2004 Mar 26;4:228-47. PubMed PMID: 15105962.

Petock JM, Torshin IY, Weber IT, Harrison RW. Analysis of protein structures reveals regions of rare backbone conformation at functional sites. Proteins. 2003 Dec 1;53(4):872-9. PubMed PMID: 14635129.

Torshin I, Weber IT, Harrison RW. Net charge center as the simplest model of a protein identifies up to 100% of active/binding site residues. Med Sci Monit. 2003 Aug;9(8):BR289-301. PubMed PMID: 12942025.

Petock JM, Torshin IY, Wang YF, Du Bois GC, Croce CM, Harrison RW, Weber IT. Crystal structures of Tcl1 family oncoproteins and their conserved surface features. ScientificWorldJournal. 2002 Jul 4;2:1876-84. Review. PubMed PMID: 12920316.

Torshin IY, Harrison RW. Protein folding: search for basic physical models. ScientificWorldJournal. 2003 Jul 30;3:623-35. Review. PubMed PMID: 12920312.

Ye Y, Shealy S, Lee HW, Torshin I, Harrison R, Yang JJ. A grafting approach to obtain site-specific metal-binding properties of EF-hand proteins. Protein Eng. 2003 Jun;16(6):429-34. PubMed PMID: 12874376.

Torshin IY, Harrison RW, Weber IT. Close pairs of carboxylates: a possibility of multicenter hydrogen bonds in proteins. Protein Eng. 2003 Mar;16(3):201-7. PubMed PMID: 12702800.

Torshin IY. Structural criteria of biologically active RGD-sites for analysis of protein cellular function — a bioinformatics study. Med Sci Monit. 2002 Aug;8(8):BR301-12. PubMed PMID: 12165734.

Torshin IY, Weber IT, Harrison RW. Geometric criteria of hydrogen bonds in proteins and identification of «bifurcated» hydrogen bonds. Protein Eng. 2002 May;15(5):359-63. PubMed PMID: 12034855.

Torshin IY. Functional maps of the junctions between interglobular contacts and active sites in glycolytic enzymes — a comparative analysis of the biochemical and structural data. Med Sci Monit. 2002 Apr;8(4):BR123-35. PubMed PMID: 11951058.

Ye Y, Lee HW, Yang W, Shealy SJ, Wilkins AL, Liu ZR, Torshin I, Harrison R, Wohlhueter R, Yang JJ. Metal binding affinity and structural properties of an isolated EF-loop in a scaffold protein. Protein Eng. 2001 Dec;14(12):1001-13. PubMed PMID: 11809931.

Petock JM, Torshin IY, Wang YF, Du Bois GC, Croce CM, Harrison RW, Weber IT. Structure of murine Tcl1 at 2.5 A resolution and implications for the TCL oncogene family. Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 2001 Nov;57(Pt 11):1545-51. Epub 2001 Oct 25. PubMed PMID: 11679718.

Torshin IY, Harrison RW. Charge centers and formation of the protein folding core. Proteins. 2001 Jun 1;43(4):353-64. PubMed PMID: 11340652.

Torshin IY. Clustering amino acid contents of protein domains: biochemical functions of proteins and implications for origin of biological macromolecules. Front Biosci. 2001 Apr 1;6:A1-A12. PubMed PMID: 11282572.

Torshin I. Direct and reversed amino acid sequence pattern analysis: structural reasons for activity of reversed sequence sites and results of kinase site mutagenesis. Biochem J. 2000 Feb 1;345 Pt 3:733-40. PubMed PMID: 10642535; PubMed Central PMCID: PMC1220811.

Torshin I. Activating oligomerization as intermediate level of signal transduction: analysis of protein-protein contacts and active sites in several glycolytic enzymes. Front Biosci. 1999 Jul 1;4:D557-70. PubMed PMID: 10393128.

Torshin I. Molecular surface sequence analysis of several E. coli enzymes and implications for existence of casein kinase-2 bacterial predecessor. Front Biosci. 1999 Apr 1;4:D394-407. Review. PubMed PMID: 10099138.

Poltorak OM, Chukhray ES, Torshin IY. Dissociative thermal inactivation, stability, and activity of oligomeric enzymes. Biochemistry (Mosc). 1998 Mar;63(3):303-11. Review. PubMed PMID: 9526127.

Конференции:

И.В.Гоголева, Громова О.А., Зангиева З.К., Волков А.Ю., Торшин И.Ю. Влияние ишемии на элементный гомеостаз головного мозга. Роль глюконата лития. Всероссийская конференция с международным участие «Инновации в фармакологии: от теории к практике», Санкт-Петербург 27-28 октября 2014г.

Гоголева И.В., Громова О.А., Зангиева З.К., Волков А.Ю., Торшин И.Ю. Влияние ишемии на элементный гомеостаз головного мозга. Роль глюконата лития. Тезисы Всероссийской конференции с международным участие «Инновации в фармакологии: от теории к практике», Санкт-Петербург, 2014. С. 57-58

Пронин А.В., Волков А.Ю., Торшин И.Ю., Жидоморов Н.Ю.Доклиническое изучение фармакокинетики аскорбата лития.XI международный научный конгресс «Рациональная фармакотерапия», Санкт-Петербург, 2016.   С. 122-124.